Expeditionsführer der dritten sogenannten "SS-Expedition Schäfer" war Schäfer selbst. Diese Expedition wurde im Auftrag der SS-Organisation Ahnenerbe Heinrich Himmler, um unter anderem zu erforschen, ob Spuren einer "arischen" Urreligion in den tibetisch-buddhistischen Schriften zu finden seien. Expeditionsteilnehmer war auch der Anthropologe und SS-Obersturmführer Bruno Beger, der auf der Suche nach einer "arischen" Abstammung die Schädel von Tibetern vermaß. Schäfer forschte nach "geeigneten Getreidekörnern und -samen für die künftige Kriegswirtschaft" und interessierte sich für Siedlungsgebiete im Osten sowie für eine robuste Pferderasse. Dabei entstand der Propaganda-Film Geheimnis Tibet, der 1943 uraufgeführt wurde. Folgende Absichten wurden mit dem Film verfolgt:
1. Eine Aufheizung der allgemeinen Kriegsbegeisterung
2. Die Verherrlichung deutscher Elite-Krieger im asiatischen Raum
3. Ein Selbstporträts der SS als Forschungs-Institution, die es versteht, Wissenschaft und Abenteuer miteinander zu verbinden
4. Die Präsentation der Tibeter als mögliche Bündnispartner gegen England, insbesondere gegen Indien als englische Kolonie
5. Eine Dokumentation der indo-arische Rassenforschung, welche die Existenz einer verschütteten weißen Hochkultur im Himalaja nachweisen sollte
6. Ein Interesse an den magischen Ritualkulten des Lamaismus
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